南方科技大学是国家高等教育综合改革试验学校。是由广东领导和管理的全日制公办普通高等学校，是深圳市创办的一所创新型大学。

东南大学、是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，是国家首批世界一流大学建设高校（A类）“985工程”“211工程”重点建设高校、入选“2011计划、111计划、卓越工程师教育培养计划、卓越医生教育培养计划、国家级大学生创新性试验计划、国家建设高水平大学公派研究生项目、全国深化创新创业教育改革示范高校、学位授权自主审核单位，由教育部与江苏共建。

要我选的话那必须是东南大学，东南大学可不是什么一本二本大学，也不是位于东南福建，它可是响当当的双一流A类985大学，即使在所有985高校里也是排名中上的高校。南方科技大学虽然位于深圳，地理位置优越，但是东南大学位于长三角的南京，也不逊色深圳，况且南方科技大学建校才十多年，底蕴影响地位等都不能与东大同日而语。不过话说回来，如果家庭条件一般的同学，还是可以考虑南科大，它给同学的奖励还是蛮多的。

南方科技大学位于深圳，我国经济发展的前沿，而且该校的成立也是得益于深圳的发展，所以从一开始建立学校就是在探索全新的教学方式，该校属于省属院校，也很年轻，东南大学属于部属985，211高校，该校的历史可以追溯到1902年的两江师范学堂，该校历史悠久，人文底蕴深厚，如果成绩优秀优先选择东南大学

南方科技大学是一所比较年轻但实力很强的高校，东南大学是国家重点研究性工科类重点大学，实力很强。相比较，东南大学的实力还是高于南方科技大学，因此，选择东南大学更好一点。