专业有生物技术,口腔医学,护理学,临床医学(康复医学),卫生检验与检疫,公共事业管理,麻醉学 管理科学与工程机械设计及理论,电力电子与电力传动,农产品加工及储藏工程,机械工程,机械制造及其自动化,思想政治教育,机械电子工程,矿床学,岩石学,矿物学,食品科学,计算机应用技术的。
合肥工业大学有80多个本科专业,比较好的有信息管理与信息系统、车辆工程、资勘查工程、电气工程及其自动化、测控技术与仪器、机械设计制造及其自动化、制药工程、食品科学与工程、新能源材料与器件、物联网工程、材料成型及控制工程、建筑学、土木工程,这些专业都是国家级特色专业。