二级建造师挂靠付款方式通常由双方协商确定，一般有以下几种付款方式：

1.一次性付款：在签订挂靠协议时，挂靠方一次性支付二级建造师所有费用。这种方式简单明了，但挂靠方需要承担一定的风险。

2.分期付款：挂靠方与二级建造师约定一个付款周期，如按年、半年或季度等，根据挂靠期限进行分期付款。这种方式可以降低挂靠方的资金压力，但需要确保二级建造师的资质和信誉。

3.项目提成：挂靠方按照二级建造师参与的项目金额的一定比例支付费用。这种方式可以激励二级建造师积极参与项目，提高挂靠方的工作效率。

4.保证金制度：挂靠方在签订挂靠协议时收取一定比例的保证金，待挂靠期满后退还。这种方式可以保障挂靠方的权益，但可能会增加二级建造师的资金压力。

5.其他支付方式：如支付宝、微信转账等线上支付方式，方便快捷，但需要注意资金安全。

无论采用哪种付款方式，都需要确保双方的权益得到保障。挂靠方应确保二级建造师的资质和信誉，而二级建造师也应遵守挂靠协议的规定，按时提供相应的服务。

在选择付款方式时，还需要考虑以下因素：

1.挂靠期限：挂靠期限的长短会影响付款方式的选择。例如，长期挂靠可能更适合分期付款，而短期挂靠则可能选择一次性付款。

2.项目情况：如果挂靠方有多个工程项目，可能需要根据项目的具体情况来调整付款方式。例如，对于大型项目，可能采用项目提成的方式；而对于小型项目，则可能采用一次性付款。

3.风险承受能力：挂靠方和二级建造师的风险承受能力也会影响付款方式的选择。例如，如果挂靠方对二级建造师的信誉有疑虑，可能会选择收取保证金的方式；而如果二级建造师担心挂靠方拖欠款项，可能会要求一次性付款。

二级建造师挂靠付款方式应根据双方的具体情况和需求来确定，以确保双方的权益得到保障。在实际操作中，建议双方充分沟通，明确各自的权利和义务，选择合适的付款方式，以实现互利共赢。