根据《建设工程项目管理规范》GB/T50326-2017的相关规定，项目经理部在施工过程中遇到原设计图纸存在重大问题时，应按照以下步骤处理：

首先，项目经理应立即组织项目技术负责人和相关技术人员对存在的问题进行详细分析，并形成书面报告。报告中应明确指出设计图纸的问题所在，并提出可能的解决方案。

其次，项目经理应将问题报告提交给业主单位，并建议召开由业主、设计单位、监理单位和施工单位代表参加的设计变更协调会议。在会议上，各方应充分讨论，达成共识，确定最佳的设计变更方案。

再次，设计单位应根据协调会议的决定，修改设计图纸，并向施工单位提供新的设计文件。施工单位在收到新的设计文件后，应重新编制或调整施工方案，并进行相应的技术交底工作。

最后，项目经理部应严格按照新的设计文件和施工方案组织施工，确保工程质量和安全。同时，应对设计变更过程中的相关资料进行整理归档，以备后续检查和审计。

在整个过程中，项目经理部应保持与业主、设计和监理单位的良好沟通，确保信息的及时传递和处理。此外，还应密切关注设计变更可能带来的成本和时间影响，并采取相应措施予以控制。

通过以上步骤，项目经理部可以妥善处理原设计图纸的重大问题，确保工程项目的顺利进行。

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