二级建造师减免税额的计算涉及个人所得税法规定的专项附加扣除。根据《中华人民共和国个人所得税法》，纳税人接受职业资格继续教育，取得相关证书的当年，可以享受每年3600元的专项附加扣除。

以下是关于二级建造师减免税额计算的详细说明：

一、扣除条件

1.纳税人需在中国境内接受职业资格继续教育并取得相关证书。

2.证书需由省级以上人力资源社会保障部门确定的国家职业资格目录清单中所列的证书。

二、扣除标准

1.取得相关证书的当年，纳税人可享受每年3600元的专项附加扣除。

2.该扣除额在计算综合所得应纳税所得额时予以扣除。

三、计算方法

1.首先，计算纳税人的综合所得应纳税所得额。综合所得包括工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得。

2.其次，从综合所得应纳税所得额中减去6项专项附加扣除（包括子女教育、继续教育等）和其他依法可扣除的项目。

3.最后，根据调整后的应纳税所得额，按照个人所得税税率表计算应纳税额。

四、申报流程

1.纳税人需在取得相关证书的当年，向扣缴义务人（如雇主）提供继续教育信息。

2.扣缴义务人在预扣预缴税款时，为纳税人办理扣除。

3.如果纳税人没有扣缴义务人或者扣缴义务人未按照规定办理扣除，纳税人可以在年度终了后，通过个人所得税APP或前往税务机关办理汇算清缴，自行申报扣除。

五、注意事项

1.纳税人应在取得相关证书的当年及时申报扣除，逾期将无法追溯扣除。

2.纳税人应妥善保管相关证书，以备税务机关核查。

3.纳税人应如实申报扣除信息，如有虚假申报行为，将依法承担相应法律责任。

综上所述，二级建造师减免税额的计算需要结合个人的综合所得税收入情况以及各项扣除项目进行综合考量。纳税人应了解相关政策规定，确保自身权益得到充分保障。