目前商丘有三所本科院校，商丘师范、商丘工学院和商丘学院。
1、商丘师范学院（Shangqiu Normal University）坐落于河南省商丘市，为公办全日制普通高等学校，入选教育部数据中国“百校工程”产教融合创新项目。 学校历史可以追溯到1905年创办的“归德府中学堂”，前身为北宋全国四大书院之一的应天书院。
2、商丘工学院（Shangqiu Institute of Technology）位于河南省商丘市，是经国家教育部批准的民办普通本科高校。名誉校长李肇星。截至2009年12月，学校占地1191亩，校舍建筑面积近38万平方米，有校内实验室、实训车间109个，校外实习、实训基地121个。
3、商丘学院（Shangqiu University）是经国家教育部批准的全日制普通本科院校。学院筹建于2002年；2005年7月被教育部批准设立成名为河南农业大学华豫学院的独立学院；2011年4月教育部同意河南农业大学华豫学院转设为商丘学院。截止2019年10月，学校现有两个校区：校本部和开封校区（商丘学院应用科技学院）校本部占地2829.27亩;拥有16个教学单位，开设45个本科专业，形成了以工学为主体，工、农、管、艺、文、教、理、经等多学科协调发展的专业格局。
