生物光学标记（bio-optical marker）是指用具有光学特征的标记物标记生物分子，从而达到检测、识别的目的。
根据应用的光学特征不同通常可分为荧光分子标记、荧光蛋白标记、生物发光标记、化学发光标记等。从标记目的来分则包括生物分子标记、生化标记、细胞学标记、形态学标记等。
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