棚室消毒一般在下茬作物播种和定植前2～3天对大棚进行全面清理，除去残株落叶。
大棚消毒分：棚室消毒；骨架及附属物消毒；土壤消毒。棚室消毒有以下几种方法：1、硫磺熏烟法，密闭大棚数日后择晴天进行，每立方米空间用硫磺4克，锯末8克，于晚上7时，每隔2米距离堆放锯末，摊平后撒一层硫磺粉，倒入少量酒精，逐个点燃；24小时后放风排烟。此法消毒效果好，成本很低，取材方便。
2、用百菌清等烟熏剂消毒，每隔7～10天烟熏1次，连续3次以上，效果显着。方法是清理田园后严格密闭即可烟熏。可用45%百菌清烟熏剂或30%速克灵烟熏剂，前者对多数真菌性病害有防效，速克灵烟熏剂或百菌清和速克灵混合烟熏剂对灰霉病为主的病害防效显着。烟熏剂的剂量为每立方米空间0.2～0.3克。每亩用量：30%速克灵熏烟剂300～500克；45%百菌清烟熏剂200～250克，均匀放置后，分别点燃，随即密闭烟熏2～3小时。
3、高温闷棚法：在夏季高温季节，可用高温闷棚法，将大棚全部封闭，利用太阳能和棚内高温进行室内消毒，密封暴晒15～20天；5～10厘米深土壤温度可达40～600c，最高土温能达50～700c。
4、骨架及附属物消毒：大棚骨架及辅助设施消毒。对大棚骨架、营养钵等育苗器具、生产工具等，可用2%加收米水溶液均匀喷洒或洗刷后密封消毒。
5、土壤消毒：土壤消毒以土壤传播侵染的病害有黄萎病、青枯病、枯萎病。防治这些病害，可在定植前半个月，用宝路50毫升+加瑞农200克兑水120斤喷于垄面，覆膜，1~2天后可移栽。
