1. 试剂准备阶段试剂准备是 PCR 操作的第一个流程，需要在试剂贮存和准备区的超净工作台或生物安全柜进行，用确保无污染的移液器、枪头及容器等进行分装。
所有的 PCR 体系都应该在 - 20℃ 保存，除了 ddH 2 O 之外，其余的试剂组份需完全融化之后再加入，以免影响浓度。配制反应体系应在快速进行，以减少非特异性扩增。体系配制完成之后应马上进行 PCR 反应。
2. 样本制备阶段样本制备是整个 PCR 反应中最为关键的环节，在接收样本时一定要确保样本的密封性以及样本编号的唯一性。严格遵守操作规程进行加样操作，操作时候尽量少说话或者不说话。所有操作需要在生物安全柜内进行，操作前后生物安全柜需要进行紫外灯消毒，注意生物安全柜中物品的排放。戴手套并勤于更换，要有「无核酸观念」 。
3. 核酸扩增在核酸扩增环节需要选择质量好的 Ep 管，装入反应体系的 EP 管上机前混匀、离心，将管壁及管盖上的液体甩至管底部。在样本检测的同时设立对照（阳性对照、阴性对照、阴性模板、试剂对照）。同时严密检测 PCR 扩增仪的各项性能指标，其中对 PCR 扩增仪而言温度控制就意味着质量。
4. 产物分析常见问题：1）无 CT 值出现：模板量不足（杂质的引入及反复冻融的情况等）2）CT 值出现过晚（大于 38）：各种反应成分的降解或加样量的不足3）标准曲线线性相关性不佳：加样误差、标准品出现降解等4）阴性对照有信号：模板有基因组的污染5）扩增效率低：反应试剂中部分成分特别是荧光染料降解、反应抑制6）扩增曲线的异常：模板的浓度太高或荧光染料的降解四、实验室操作环境的维护1） 各工作区要有一定的隔离，进入工作区域应按照单一的方向进行。试剂贮存和准备区 → 标本制备区 → PCR 扩增区 → 产物分析区单一方向进行。
2） 各个区域实验用品专用：各个区域实验设备和物品应有明确的标记，不能混用。
3） 实验场所要保持通风良好，严格监测各个工作区的温湿度。
4）注意实验室污染的预防。整个 PCR 实验的操作都需要特别注意避免污染，来自样本的、试剂的以及实验室各种气溶胶，要始终保持「无核酸观念」。
