SDS在生物学实验中常用于分离不需要的蛋白质，纯化产物。列如“分离纯化蛋白质”“DNA提取”版中都会用到权SDS
SDS是一种阴离子去污剂,作为变性剂和助溶剂,能断裂分子内和分子间的氢键,使分子去折叠,破坏蛋白质分子的二级结构和三级结构.在SDS-PAGE中,蛋白质样品中加入SDS和还原剂（能使半胱氨残基之间的二硫键断裂）,在100℃加热3至5分钟,能使分子解聚为多肽链,而SDS则与解聚后的氨基酸侧链充分结合形成带负电荷的蛋白质-SDS胶束,所带的负电荷大大超过了蛋白质分子原有的电荷量.
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