长期以来,植物育种中选择都是基于植株的表型性状进行的,当性状的遗传基础较为简单或即使较为复杂但表现加性基因遗传效应时,表型选择是有效的。
但许多重要农艺性状为数量性状,如产量等;或多基因控制的质量性状,如抗性等;或表型难以准确鉴定的性状,如根系活力等,此时根据表型提供的对性状遗传潜力的度量是不确切的,因而选择是低效的。遗传育种家们很早就提出了利用标记进行辅助选择以加速育种改良进程的设想。形态学标记等常规遗传标记是最早用于植物育种辅助选择的标记,但由于它们数量少、遗传稳定性差,且常常与不良性状连锁,因而利用受到很大限制。近十年来,分子生物学技术的发展为植物育种提供了一种基于DNA变异的新型遗传标记——DNA分子标记,或简称分子标记。与传统应用的常规遗传标记相比,分子标记具有许多明显的优点,因而已被广泛应用于现代作物遗传育种研究的各个方面,正在为植物育种技术带来一场新的变革。