农村自建房不动产权证注销后会有记录。
注销后的房子也会显示在房产信息里面,房产证号也可以显示出来。农村房屋产权证注销,需得农村房屋产权证上记载的权利人去当地不动产登记机构办理农村房屋产权证注销登记手续。首先,权利人需要填写农村房屋产权证注销登记申请书。然后,权利人需要想向不动产登记机构提交身份证明、农村房屋产权证原件、农村房屋消灭的材料,比如房屋灭失材料,放弃房屋所有权的文件,依法没收、征收、收回房屋所有权的决定书,房屋所有权消灭的法律文书等,等待审核。不动产登记机构审核后符合注销条件的,予以注销。