如何进行引物设计

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如果这一对通用引物没有信号,说明你这个菌在这两个位置有snp,导致扩增不出来。

几个方法可以参考一下。1:你们大概知道这个菌的种属,那么就去ncbi上找近缘物种的16s序列,做序列比对,设计简并引物,扩增出全长,测序。

2:你们完全不知道种属,上网多找几对通用引物,最好是扩增V3V4区或者V4区的,扩增出部分再去测序比对,一般能确认属,再按照1的方法做。

3:在方法2能扩增部分序列但是设计全长引物扩增失败的情况下,利用得到的部分序列做race。

4:前面全部失败,提取DNA做2代测序,直接测基因组(如果觉得成本太高,可以少测点数据量,够比较就可以了)。

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