北京大学的院系设置主要分为以下几个学部，每个学部下包含若干学院：
理学部 ：
数学科学学院
物理学院
化学与分子工程学院
生命科学学院
城市与环境学院
地球与空间科学学院
心理与认知科学学院
建筑与景观设计学院
信息科学技术学院
电子学院
计算机学院
集成电路学院
智能学院
工学院
软件与微电子学院
环境科学与工程学院
软件工程国家工程研究中心
材料科学与工程学院
未来技术学院
人文学部 ：
中国语言文学系
历史学系
考古文博学院
哲学系（宗教学系）
外国语学院
艺术学院
对外汉语教育学院
歌剧研究院
社会科学学部 ：
国际关系学院
法学院
信息管理学院
社会学系
政府管理学院
教育学院
新闻与传播学院
体育教研部
新媒体研究院
教育财政科学研究所
经济与管理学部 ：
经济学院
光华管理学院
人口研究所
国家发展研究院
医学部 ：
基础医学院
药学院
公共卫生学院
护理学院
医学人文学院
医学继续教育学院
第一医院
人民医院
第三医院
口腔医院
北京肿瘤医院
第六医院
深圳医院
首钢医院
国际医院
滨海医院
跨学科类学部 ：
元培学院
燕京学堂
先进技术研究院
前沿交叉学科研究院
中国社会科学调查中心
分子医学研究所
科维理天文研究所
核科学与技术研究院
北京国际数学研究中心
海洋研究院
现代农学院
人文社会科学研究院
深圳研究生院 ：
相关学院和研究所
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