计算基因型的方法主要取决于所研究的生物和遗传模式。
在孟德尔的单因子遗传中，每个个体从每个父母那里继承一个等位基因。例如，如果豌豆的直链种子（R）对皱缩种子（r）是显性的，那么一个具有RR基因型的豌豆将产生R配子，而具有rr基因型的豌豆将产生r配子。当R配子和r配子结合时，后代将具有Rr基因型。然而，对于更复杂的遗传模式，如多基因遗传或性连锁遗传，需要更复杂的计算方法来确定基因型。
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