NCBI始建于1988年11月，它的建立主要是三个独立但又相关的行动结合而成的，分别是：
1. 1984-1986，倡导团体在国会山召开会议，就支持基因组研究的价值对议员及员工进行教育。
2. 1986年，美国国家医学图书馆（NLM）的长期计划已经完成，它建议建立一个新的NLM部门来管理及处理分子生物学信息。
3. 1987年，由参议员Claude Pepper担任主席的老龄化特别问题委员会提议建立NCBI。1984年，基础生物研究代表团开始向国会山作出简报，通过诺贝尔奖获得者James Watson博士和David Baltimore博士向立法者告知基因组研究作为促进科学研究的新的及不可分割的一部分的重要性。这些简报被认为是在国会中创建一种氛围的关键，这种氛围能够接受创建像NCBI这样的生物技术信息中心。同样是在1984年，Donald A. B. Lindberg博士成为美国国家医学图书馆的主管，此后不久，他领导国家图书馆进行了一项重大的长期规划。超过100位生物医学委员会的领导者参加了这一严格的流程，形成了5个覆盖NLM主要领域的专家组。特别要说明的是面板3----以“从数据库中获取事实数据”为题----可被证明是NCBI最初构想的由来。
