根据地膜覆盖栽培的特点和土壤水分的运转规律，全层施肥比条施效果好，深施比浅施效果好。
一般把计划好的施肥量一次全部撒施在耕层表面，然后进行深耕。这主要是地膜覆盖下的土壤水分移动，带有向横向渗透和上升的作用，所以矿化的无机肥料溶于水中之后，同样按照土壤水分的移动规律运动，容易被作物的根部所吸收。
2.由于地膜覆盖栽培土壤温度升高，土壤湿度均匀，微生物活动旺盛，所以能够使有机态氮，迅速转化为无机态氮。因此当进行地膜覆盖栽培时，氮肥的施肥量应相应的减少，防止造成茎叶徒长，或倒伏、落花、座果不良等现象，同时易发生病虫害。
3.在肥沃的地块上地膜覆盖栽培，氮肥的施用量要比露地栽培减少15%~20%为宜。减量幅度不能死板的运用，要根据作物种类，当地气候，地力高低等因素适当减量，比如南方高温地区比北方高寒地区的减量就相对地应该多些。
4.地膜覆盖栽培，由于土壤有机质的分解加速，应该及时地补充有机质。而秸秆还田作为有机质施在田地然后耕翻，以此保持土壤有机质而不使产量下降，解决了土壤中有机质不足的问题，同时也解决了秸秆处理难的情况。
5.地膜覆盖栽培，作物对磷钾的吸收量有所增加，特别是钾肥，经过地面覆盖后，不会因为土壤干燥而被固定，利用率大为提高。为了使作物能够获得充分的比例合理的氮、磷、钾，要注意防止偏施氮肥，要施用充足的磷、钾肥，才能显著地发挥地膜覆盖栽培的增产作用。
