1、duplex formation:这是评价引物二聚体形成的,包括自身形成二聚体和引物间二聚体,主要是看引物3‘端有无配对碱基(最好没有)。
其中的current oligo是当你对引物进行了编辑(如加入酶切位点)时,对原始引物进行的分析。(下同)形成的二聚体要看能值G(得它不会输入啊!),能值越低越好,最好不要超过4.5(下同)2、hairpin formation:是看引物自身能否形成发夹结构,主要也是看3’端不要形成发夹结构。还要看形成发夹结构的能值,不超过4.5。如果引物中加入酶切位点,可能会有发夹结构且能值不会太低,这就需要灵活控制退火温度了。
3、composition and Tm:分析上下游引物的碱基组成,GC比和Tm值,原则我就不多说了。
4、false priming site: 如果模板不是基因组DNA,而是一个特定模板序列,需要进行错配的分析,看你的引物(尤其3‘端)是否与特定模板的其他位点结合。一般错配的引发效率以不超过100为好,但并不绝对,如果正确结合位点的引发效率为450以上,而有一个错配的引发效率是120左右的,这个引物也是可以接受地!!