oligo calc如何看引物好坏

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1、duplex formation:这是评价引物二聚体形成的,包括自身形成二聚体和引物间二聚体,主要是看引物3‘端有无配对碱基(最好没有)。

其中的current oligo是当你对引物进行了编辑(如加入酶切位点)时,对原始引物进行的分析。(下同)形成的二聚体要看能值G(得它不会输入啊!),能值越低越好,最好不要超过4.5(下同)2、hairpin formation:是看引物自身能否形成发夹结构,主要也是看3’端不要形成发夹结构。还要看形成发夹结构的能值,不超过4.5。如果引物中加入酶切位点,可能会有发夹结构且能值不会太低,这就需要灵活控制退火温度了。

3、composition and Tm:分析上下游引物的碱基组成,GC比和Tm值,原则我就不多说了。

4、false priming site: 如果模板不是基因组DNA,而是一个特定模板序列,需要进行错配的分析,看你的引物(尤其3‘端)是否与特定模板的其他位点结合。一般错配的引发效率以不超过100为好,但并不绝对,如果正确结合位点的引发效率为450以上,而有一个错配的引发效率是120左右的,这个引物也是可以接受地!!

其他答案

要验证引物是好是坏,可以采用以下方法:

1. 使用质谱仪对引物进行质量分析,确保质量符合预期。

2. 进行聚合酶链反应(PCR)来扩增目标序列,然后进行电泳分析,观察是否出现预期大小的片段。

3. 进行测序验证,使用引物扩增的产物进行Sanger测序,与目标序列进行比对,确认是否一致。

4. 如果有条件,可以进行实时荧光定量PCR,观察引物扩增的效率和特异性。

5. 可以使用引物设计软件进行引物特性分析,如Tm值、二聚体形成等,确保引物设计合理。

其他答案

OligoCalc是一种计算工具,用于评估引物设计的好坏。它会计算引物的催化温度、GC含量、碱基配对数量和自身相互碱基对数量,以及其在DNA序列中的目标位点的熔解温度。

优良的引物应具有适当的GC含量、合理的碱基配对数量、稳定的自身相互碱基对数量和目标位点的恰当熔解温度。

使用OligoCalc可以根据这些参数判断引物的质量,进而选择合适的引物用于实验和研究。但需要注意的是,使用OligoCalc评估引物时,也应结合其他实验或分析结果进行综合判断。

其他答案

要评估引物的好坏,首先要考虑引物的特异性和互补性。好的引物应该具有与目标序列完全或高度匹配的特异性,避免与非目标序列产生非特异扩增。

此外,引物的互补性也很重要,引物间的相互作用应该尽可能避免形成二聚体或错配引物。更好的引物长度通常在18-25个碱基对之间,GC含量应接近50%。此外,还需考虑引物的重复性、自主性以及合成和价格等因素。总之,好的引物应该具有高特异性、互补性良好、长度适中、GC含量合适等特点。

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