1、性质不同生物柴油是生物质能源与传统化石能源的结合，是可再生绿色能源；柴油是化石能源，属于不可再生资源。
2、原料不同生物柴油主要以菜籽油、大豆油、花生油、玉米油、棉籽油等植物油或鱼油、猪油、牛油、羊油等动物油为原料，废弃油脂或微生物油脂也可作为生物柴油的原料；柴油是轻质石油产品，以原油为原料，经原油蒸馏、催化裂化、热裂化、加氢裂化、石油焦化等过程生产而成。
3、性能不同生物柴油的热值比石油柴油略低。
4、环保性能不同生物柴油不仅是绿色能源，而且用作汽车燃料可降低尾气中二氧化碳排放量80％，还可降低SOx、未燃烧的烃、芳烃、致癌物等。
5、价格不同一般生物柴油的价格相较普通的柴油，价格还要便宜一些。
三、生物柴油可以代替传统柴油吗生物柴油与石化柴油性能非常相近，作为柴油机燃料时无需改造发动机，储存也与石化柴油一样，可以部分替代柴油等石化燃料使用。不过需要注意的是，就目前技术来看，生物柴油还不能完全代替传统柴油，主要是因为生物柴油的热值低一些；而且由于其具有较高的溶解性，作燃料时易于溶胀发动机的橡塑部分，需要定期更换；还有就是生物柴油的性质不太稳定，受原料影响大，因此，暂时还不能完全使用生物柴油代替柴油。
