蛋白多糖是一种复杂的生物分子，由糖胺多糖（一种长链的碳水化合物）与蛋白质结合形成。
这种结合使得蛋白多糖具有了粘性和弹性，使其在细胞外基质中起到维持组织的充盈和抗挤压的作用。蛋白多糖广泛分布于细胞外基质中，特别是在软骨组织和固有结缔组织中。它们不仅在细胞外基质中发挥作用，还存在于细胞表面、细胞内分泌颗粒及细胞核中。按Kjelleen和Lindahl提出的分类法，蛋白多糖分为细胞外基质蛋白多糖、基底膜蛋白多糖、细胞表面蛋白多糖和细胞内蛋白多糖。其中，细胞外基质蛋白多糖又区分为大分子基质蛋白多糖和小分子基质蛋白多糖。大分子基质蛋白多糖包括软骨基质可聚蛋白多糖、结缔组织多能蛋白多糖等。例如，软骨基质可聚蛋白多糖（aggrecan）的核心蛋白由2124个氨基酸残基组成，其中包含8个不同的结构域。结缔组织多能蛋白多糖（versican）也可与透明质酸及连接蛋白结合成稳定的聚合体，如血管壁的多能蛋白多糖。小分子基质蛋白多糖由小的同源核心蛋白及1～2条糖胺多糖链构成，包括饰胶蛋白多糖（decorin）、双链蛋白多糖（biglycan），以及在功能上与饰胶蛋白多糖相似的纤维蛋白多糖和光蛋白多糖（1umican）。总的来说，蛋白多糖在生物体内发挥着多种重要功能，对于维持组织的稳定性和细胞的正常活动具有重要意义。
