调查种群密度的方法有:1、样方法其原理是：在被调查种群的分布范围内，随机选取若干个样方，通过计数每个样方内的个体数，求得每个样方的种群密度，以所有样方种群密度的平均值作为该种群的种群密度估值。
2、标志重捕法其原理是：在被调查种群的活动范围内，捕获一部分个体，做上标记后再放回原环境，经过一段时间后再进行重捕，根据重捕到的动物中标记个体占总个体数的比例，来估计种群密度。即若将该地段种群个体总数记为N，其中标志数（重捕前放回的标志个体数）为M，重新捕获的个体数为n，重捕中被标志的个体数为m，则有N：M=n：m。
3、去除取样法在一个封闭的种群里，随着连续的捕捉，种群数量逐渐减少，同等的捕捉力量所获取的个体数逐渐降低，逐次捕捉的累积数就逐渐增大。当单位努力的捕捉数等于零时，捕获累积数就是种群数量的估计值。
4、直接计数法通过显微镜利用血球计数板进行较大单细胞微生物计数的操作方法，称为显微镜直接计数法。这是一种常用的徽生物计数方法，此种方法简便、快速、直观。显微镜直接计数法是将少量待测样品的悬浮液置于一种特别的具有确定面积和容积的载玻片上（血球计数板），在显微镜下直接计数，然后推算出含菌数的方法。
