有吴地遗珍、吴塔国宝、吴中风雅、吴门书画四个基本陈列。
1.吴地遗珍吴地遗珍展位于一层南侧，由晨光熹微、争伯春秋、锦绣江南、都会流韵4个展厅组成。“吴地遗珍”系列文物蕴涵深邃，元气淋漓，包括史前陶器、玉器；春秋青铜器、玉器；六朝青瓷、五代秘色瓷；元张士诚母曹氏墓、明王锡爵墓随葬品等主题展室。
2.吴塔国宝吴塔国宝展位于西部主展区地面一层西侧，由宝藏虎丘、塔放瑞光2个展厅组成，突出展示了苏州两座标志性佛塔虎丘云岩寺塔和盘门瑞光寺塔内发现的国宝级佛教文物，分“宝藏虎丘虎丘云岩寺塔佛教文物”和“塔放瑞光瑞光寺塔佛教文物”南北两个展室，仿八角形砖塔的展室格局和主次分明的布局形式直观再现了文物保存原貌。
3.吴中风雅吴中风雅展位于一层北部，由雕镂神工、文房雅事、闲情偶寄、迎神纳财、锦绣浮生、宋画斋、书斋长物、陶冶之珍、攻玉巧技9个展厅组成，“吴中风雅”系列文物千姿百态，玲珑剔透，包括明书斋陈设、瓷器、玉器、竹木牙角器、文具、赏玩杂件、民俗物品、织绣服饰等主题展室。
4.吴门书画吴门书画展位于主展区二层，由北厅、南厅2个展厅组成，该展以馆藏书画精品展示为主导，以吴派及吴派源流诸子、四王吴恽及其源流诸子、扬州画派诸子等作品为主，遴选其中部分典藏，列以卷、轴、册等装潢形式，于吴门书画厅分期分批予以展示。
