移植适当数量的水生植物，如水葫芦等，草鱼池宜用浮莲；
2、培养其它藻类，使藻相复杂不单一，可采取进含有硅藻、绿藻丰富的水20cm~50cm，然后施用专用生物肥，少量多次；
3、混养滤食鱼类，主要是鲢、鳙和罗非鱼，放养数量依据池塘营养盐状况和水华大小而定，这也是最经济、有效的方法；
4、投放生物制剂。
物理方法1、经常换水，保持水质清新，可抑制裸藻的大量繁殖，防止裸藻水华的发生。在裸藻水华初期形成后，立即换水30％~50％，裸藻水华的爆发性生长可得到有效遏制。在抽水时，注意务必选择在裸藻集中的地方，这是最快速并直接的方法；
2、用絮凝剂，之后注意培水；
3、人工捞取也是比较有效的方法，只是劳动强度较大；
4、每天中午12点～13点钟，坚持开启增氧机2小时，增加水体交换。化学方法1、调节水体pH，可以利用有些裸藻对pH敏感的特点，调节裸藻的生长。可用生石灰或硝克（1亩）或碱消，生石灰一般亩用20kg左右，硝克按照一亩用一瓶的使用量，盐碱地不建议这种方法；
2、调节盐度，裸藻大部分生长在淡水中，针对耐盐的养殖品种，可采用提高盐度至5‰～10‰的方法，也就是一亩用粗盐8-10斤左右，可抑杀裸藻；
3、在裸藻集中的区域或全池泼洒杀灭药物，注意用药后的水体解毒。
