一是生物方法：移植水葫芦、水浮莲（草鱼池）等适量水生植物；或者培养其他藻类，让藻相复杂不单一；较为经济的方法是混养鲢、鳙、罗非等滤食性鱼类，一般每亩放50-150尾；还有就是投放生物制剂。
二是物理方法：经常换水，保持水质清新；每天中午开增氧机2小时，增加水体交换；使用絮凝剂，严重时连用2-3次，使用后注意解毒培水。三是化学方法：调节水体pH值，利用裸藻对pH敏感的特点调节裸藻生长；调节盐度，裸藻大部分生长在淡水中。可在裸藻集中区域泼洒粗盐（8-10斤/亩）进行抑杀，前提是必须使用过絮凝剂絮凝；使用消毒剂或灭藻剂在裸藻集中区域泼洒杀灭。化学方法虽然快速，但千万不可在裸藻衰败期使用，以免造成人为倒藻、泛塘。裸藻水华重点在防不在治，一般裸藻水华要在水体富营养化的情况下才会出现，平时的调控是有效杜绝水华的方法。平时合理搭配使用EM菌，芽孢杆菌等有益菌通过调水，促进有益藻硅藻，小球藻的的培养，同时结合养殖品种，多增加底层鱼的数量来达到调节预防水华的发生。定期投放微生态制剂调水，第一次投放后隔15天投放第二次，接下来至少每隔1个月投放一次，冬天可适当延长投放时间。定期投放腐植酸钠腐化底质，一般1个月使用一次即可。
