正交（orthogonal）在生物学中通常指的是两个或多个事物之间相互独立、不相关或者垂直的关系。
例如，在遗传学中，正交和反交是两种不同的交配试验方法。正交是指具有某种性状的雌性个体与不具有该性状的雄性个体交配，而反交则是具有某种性状的雄性个体与不具有该性状的雌性个体交配。通过这两种交配试验，可以判断性状是否由性染色体控制。此外，正交也常用于描述基因型之间的独立关系，如非连锁基因的分离比为正交。
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