养殖循环水的净化主要依靠物理、化学和生物三种方法。
首先，通过沉淀池或过滤器去除大颗粒杂质；其次，使用化学剂如絮凝剂帮助沉降细小悬浮物。接着，利用生物滤器（如生物转盘、生物滤床）培养微生物降解溶解有机物和氨氮等有害物质。最后，使用紫外线消毒或臭氧氧化等方法杀灭病原微生物。这些步骤在循环系统中不断重复，确保水质稳定且符合养殖要求。
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