如何设计sgrna

2024-01-20 15:40:29 154次

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2024-01-20 15:40:29

设计sRNA（小干扰RNA）需要考虑目标基因的mRNA序列。

首先，你需要找到目标基因的mRNA序列，并确定一个长约21-23个核苷酸的区域，该区域在mRNA中具有高度的特异性且不在其他重要基因内。这个区域被称为靶序列。接下来，你需要设计一条与靶序列互补的sRNA。这条sRNA应具有以下特点：

1. 长度：通常为21个核苷酸。

2. 起始位置：第9个核苷酸通常是尿嘧啶（U）。

3. 方向性：sRNA应与mRNA的靶序列反向互补。

4. 特异性：sRNA应具有高度特异性，以减少对非目标基因的影响。

5. 能量：sRNA的二级结构应具有较低的能量，以提高其稳定性。最后，使用生物信息学工具（如siDirect、RNAstructure等）评估sRNA的设计，以确保其有效性和特异性。