基因污染是指外源基因通过遗传、扩散等方式进入自然生态系统，从而对原有生物种群基因库造成干扰和破坏的现象。
这种现象可能来源于转基因生物的逃逸、基因工程实验中的意外释放等。基因污染可能导致生物多样性下降、生态平衡被打破以及新的有害生物的出现等问题。因此，在基因工程技术应用中，需要严格遵守相关法规，确保生物安全，防止基因污染的发生。
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