2011年6月2日1996年夏天，成为自由球员的奥尼尔，与洛杉矶湖人队签下一张为期7年，价值1.2亿美元的合同，正式加盟湖人队。
湖人时期1996-97赛季，因受伤奥尼尔的表现一般。1997-98赛季，里克·福克斯（Rick Fox）和罗伯特·霍里（Robert Horry）来到湖人队，增强了球队的进攻力量。在这个NBA赛季，奥尼尔和队友合作取得61场胜利，但是在西部决赛被犹他爵士队以0-4击败。1998-99赛季，湖人得到前公牛球员丹尼斯·罗德曼（Dennis Rodman）的加盟，球队亦取得31胜19负的成绩（该赛季因停摆而减少至50场），进入季后赛。尽管在西部第一轮以3-1击败休斯敦火箭，但第二轮却0-4遭圣安东尼奥马刺扫地出局。1999-00赛季，湖人得到前公牛教练菲尔·杰克逊（Phil Jackson）加盟，迅速令球队表现回勇。
2000年3月7日，在对阵快船的比赛中奥尼尔迎来爆发，全场35投24中、罚球22罚13中，砍下61分和23个篮板，率队大胜快船，而这一天也是奥尼尔28岁的生日。这个赛季的奥尼尔出战79场，场均砍下29.7分13.5个篮板3次封盖，其中得分数据创造了个人单赛季场均最高纪录。那一年也取得全明星赛（与蒂姆·邓肯共同拥有）及常规赛的最有价值球员奖，场均得到29.7分、13.6篮板。球队以67胜15负排名西部第一的成绩闯入季后赛。奥尼尔在23场季后赛中平均每场30.7分；2.4个盖帽，15.4个篮板；56.6%的投篮命中率，他连续战胜2米18的弗拉德·迪瓦茨，巅峰时期的克里斯·韦伯；2米18的卢克·郎利；2米23的阿维达斯·萨博尼斯；2米11的防守悍将拉希德·华莱士，在这些对手无数的包夹和犯规下，挺进NBA总决赛。在2000年6月20日的总决赛比赛里，奥尼尔得到40分24个篮板的数据，但在46分钟的上场时间里他却39次站上罚球线，创造了NBA历史纪录。在过去20年季后赛征程中，奥尼尔之外单场罚球30次以上的球员都不曾出现过。而整个系列赛在面对步行者队2米21的荷兰长人瑞克·史密茨、防守悍将戴尔·戴维斯以及其他球员“无赖”似的防守下，奥尼尔平均每场砍下38分，16.7个篮板的数据，荣获总决赛MVP的称号。成为自1998年乔丹以后，第一位同一个赛季囊括赛季所有“最有价值球员奖”的球员，从而成为奥尼尔生涯最佳赛季。共9张紫金王朝2000-01赛季，奥尼尔在西部季后赛的竞争中战胜国王、开拓者、马刺挺进总决赛，总决赛面对76人阵中，获得赛季最佳防守球员及篮板王的迪肯贝·穆托姆博，奥尼尔在5场比赛中得到33分，15.6个篮板。其中在2001年6月9日的决赛比赛中，19投12中拿到了28分、20个篮板、9次助攻、8次封盖的准“四双”数据。处于巅峰时期的“大鲨鱼”，也率领球队夺得了总冠军。而当年湖人15胜1负的成绩也创造了季后赛历史最佳战绩，而在这16场季后赛比赛中奥尼尔场均得到30.4分；3.2个助攻，15.4个篮板；56.6%的命中率。
2001-02赛季，奥尼尔又率领湖人夺冠，总决赛面对网队平均每场比赛36.3分，12.3个篮板。三连冠时期是奥尼尔生涯的高峰，虽然各支NBA球队想尽办法以减低其场上攻守两端的威力，包括著名的“砍鲨战术（Hack-the-Shaq）”，但成效不大。在这三年的季后赛中，奥尼尔也与迈克尔·乔丹一样，连续三年取得总决赛最有价值球员奖（MVP）。
2002-03年赛季，奥尼尔因拒绝在夏季进行脚趾的治疗手术，以致该季只能上阵67场比赛，球队亦只取得50胜32负的成绩，尽管其全明星队友科比·布莱恩特（Kobe Bryant）取得当时职业生涯最佳的平均每场30分的成绩，但亦难以逃出西部第二轮被马刺队击败的厄运。球队后来以霍里为代罪羔羊，以保存奥尼尔的面子，但亦加深了他与科比之间的不和。
2003-04赛季，湖人得到卡尔·马龙（Karl Malone）及加里·佩顿（Gary Payton）的加盟，组成号称全联盟最强的梦幻阵容，再次杀入总决赛。但结果出人意料，尽管32岁而且有腿伤的奥尼尔面对双华莱士的防守得到26.6分、10.8板、1.6助攻和63%命中率的成绩，但湖人在总决赛中还是以1-4败给底特律活塞队。湖人的“黄金阵容”亦于赛后宣告崩解。奥尼尔与科比的关系进一步恶化，到了无可挽回的地步了。随着湖人高层与奥尼尔的谈判以失败告终，“大鲨鱼”转会至迈阿密，湖人队的“奥尼尔时代”终结。
