亳州有亳州学院和亳州职业技术学院两所大学。
亳州学院简称亳院,位于安徽省亳州市,是经国家教育部批准成立的全日制普通本科高等学校。清朝宣统元年(1909年)二月,张廷扬在慈氏寺创办蒙城师资讲习所;1952年,建成蒙城师范学校;2002年,升格为亳州师范高等专科学校;2016年3月22日,经教育部批准升格为普通本科亳州学院。亳州职业技术学院亳州职业技术学院位于安徽省亳州市,前身是1987年创办的合肥工业大学亳州教学点和1989年设立的安徽教育学院亳州教学点。在此基础上,1996年成立亳州工业学校;2003年升格更名为亳州职业技术学院。学院占地面积560亩,总建筑面积近23.2万平方米。