东南大学交通运输不是铁路方向，形成了以交通运输规划与管理、道路与铁道工程两个国家重点学科为龙头、以岩土工程、交通信息工程与控制两个校级重点学科及桥梁工程为主。
东南大学交通学院成立于1995年，其前身可追溯到原中央大学工学院土木工程系的路工组、五十至八十年代南京工学院土木工程系的道路教研组、1987年成立的运输工程研究所、1989年成立的交通运输工程系。交通学院以“211工程”为契机，形成了以交通运输规划与管理、道路与铁道工程两个国家重点学科为龙头、以岩土工程、交通信息工程与控制两个校级重点学科及桥梁工程、载运工具运用工程两个博士点学科为基础、以测绘工程、港航工程、地理信息工程三个硕士点学科为新学科生长点的学科布局，学科间优势互补、共同发展。1995年，东南大学为适应当时国家对交通建设人才急切需求的大好形势及加强交通运输学科建设的需要，在原运输工程研究所、交通运输工程系的基础上组建成立交通学院。
2000年4月，原东南大学与（铁道部）原南京铁道医学院、（交通部）原南京交通高等专科学校、（国土资源部）原南京地质学校合并，成立新东南大学。其中，原南京交通高等专科学校及原南京地质学校的部分学科、专业并入交通学院，组建成立新交通学院。
