南京工业大学的强势学科有:化学工程与工艺、计算机科学与技术、安全工程、土木工程、材料科学与工程、无机非金属材料工程、高分子材料与工程、生物工程等。
主要的强势学科都是以理工科类为主。江苏高校国家重点学科培育建设点:化工过程机械、生物化工一级国家重点学科培育建设点(1个)、江苏省一级重点学科(1个):材料科学与工程。江苏省重点学科:生物化工、工业催化、材料物理与化学、材料学、岩土工程、安全技术及工程、发酵工程、化工过程机械江苏高校优势学科建设工程:工业生物技术与医药制造、化学工程与技术、材料科学与工程、公共安全与节能、化学工程与技术、轻工技术与工程、材料科学与工程、安全科学与工程、先进能源技术与装备、土木工程防灾与节能“十一五”校级重点学科:化学化工、工业生物技术、材料科学与工程、机电控制工程、土木建筑、人文社科与管理、安全能源环境、医药食品