原核生物的转录终止有两种形式。
一种是依赖ρ(Rho)因子的终止,一种是不依赖ρ因子的终止。原核生物DNA没有共有的终止序列,而是转录产物序列指导终止过程。转录终止信号存在于RNA产物3’端而不是在DNA模板真核生物的转录终止,是和这类转录后修饰密切相关的。真核mRNA3’端在转录后发生修饰,加上多聚腺苷酸(polyA)的尾巴结构。大多数真核生物基因末端有一段AATAAA共同序列,再下游还有一段富含GT序列,这些序列称为转录终止的修饰点。真核RNA转录终止点在越过修饰点延伸很长序列之后,在特异的内切核酸酶作用下从修饰点处切除mRNA,随即加入polyA尾巴及5’-帽子结构。余下的继续转录的一段核苷酸序列,但因无帽子结构的保护作用,很快被RNA酶所降解。