南方医科大学招收博士和硕士研究生，有10个博士学位授权一级学科（临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、中药学、生物医学工程、生物学、药学、护理学、特种医学）；
7个博士后科研流动站（基础医学、临床医学、生物医学工程、公共卫生与预防医学、生物学、中西医结合和药学）；
2004年被批准为全国8所试办八年制医学教育的高等院校之一；
2004年8月按照国务院、中央军委下达的命令，整体移交广东省，更名为南方医科大学。
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