南京九中较十三中锁金成立时间早,南京九中成立于1902年,是江苏省最早的公立中学之一,有着百年的历史积淀。
南京市第十三中学锁金分校的前身是南京市锁金村中学,创建于1985年;2003年上半年教育布局调整中,成为南京市第十三中学的一个初中分校。南京九中教学质量高于十三中,南京九中是江苏省重点中学,教学质量一直处于省内领先地位。学校有着一批高素质的教师队伍和完善的教学设施,能够为学生提供良好的学习环境和优质的教育资源;南京十三中注重学生全面发展,除了注重学术成绩,也注重学生的思维能力、创新能力和实践能力的培养。