1，取水环境取水应在尽可能洁净的区域进行，以降低来源于空气中的离子、有机物、微生物、颗粒物等污染。
水机放置的位置应尽量避免在清洗间。如放置在综合实验室中，实验室内的药品储存需要有药品保存柜，如有内排或外排功能的更佳，否则将增加超纯水TOC升高的可能性。对于特定应用，如ICP-MS等痕量元素分析，推荐的取水区域应为洁净区域，如超净台或层流罩内，以最大限度避免空气中的元素污染。
2，取水容器根据应用不同，使用不同材质的取水容器。无机分析应使用低溶出的塑料制品，以含氟塑料为佳，聚丙烯等材质也可。有机分析应使用玻璃容器。容器的选择应遵循小口、带盖、体积合适（尽量减少顶部空气量）原则。容器应充分清洗干净，盛装超纯水前，应用合格的纯水或超纯水适当润洗。
3，取水操作取水时应使容器口尽量靠近取水口，在水机终端过滤器保护罩内取水为宜，以避免气流导致的污染。应适当倾斜容器贴壁取水，减少气泡的产生。在低温下取水应调节至低流速，减少微小气泡悬浮在水中。对于关键应用，取水时应适当放出500ml以上超纯水，以排出终端过滤器中的残留水（此部分水不参与循环，有来源于空气的逆向污染）。超痕量的有机分析应取下终端过滤器，用PVDF管路取水。取水操作后，盖上终端过滤器的保护盖。另外，水机平日应保持通水通电，避免关机，以保证水循环。如需长期停机，纯化元件需取出，用随机的塞子封好接口，放置在4℃冰箱中保存，减少细菌滋生。水箱需完全排空。重新使用设备时应做全面的管路及水箱清洗。为了保障设备正常运行，达到最佳纯化效果，应按照实际使用情况及厂家建议更换耗材及维护设备。
