反密码子是位于tRNA反密码环中部、可与mRNA中的三联体密码子形成碱基配对的三个相邻碱基。
在蛋白质的合成中,反密码子起解读密码、将特异的氨基酸引入合成位点的作用。tRNA分子二级结构的反密码环中部的三个相邻核苷酸组成反密码子。它们与结合在核糖体上的mRNA中的核苷酸(密码子)根据碱基配对原则互补成对,因此在蛋白质合成过程中,携带特定氨基酸的tRNA凭借自身的反密码子识别mRNA上的密码子,把所携带的氨基酸掺入到多肽链的一定位置上。反密码子在遗传信息的转译过程中,由于和mRNA上的密码子互补配对,因此可以进行密码子与氨基酸间特异的对应。反密码子的发现,对于深入理解遗传信息的传递和表达具有重要的意义。