1、首先是学费昂贵，民办学校的主要特点是学校经费自筹，一般来讲收取学费是私立学校经费的主要来源之一，从世界各国来看民办学校的学费普遍高于公立学校。
公办大学即公立大学。公立大学是国家组建的大学，国家提供部分资金建设。中国的公立大学比私立要好，因为公立大学组建历史悠久，文化底蕴浓厚，有较好的学风，学校策略相对稳定。而且公办院校其经费全部来自国家拨款。因此学费会较民办低很多，一般4000-10000元，而民办动则上万，艺术设计类更是快高达两万。 2、民办高校学历证书国家认可度及社会认可度普遍不高。即使中华人民共和国《民办教育促进法》第四章第三十三条明确规定：“民办学校的受教育者在升学、就业、社会优待以及参加先进评选等方面享有与同级同类公办学校的受教育者同等权利。” 认可度仍不如公立院校。 3、民办大学与公办大学完全不一样，民办大学分为民办普高和民办自考。虽然都是民办但是本质上明显不同。民办大学和公办大学就不在一个等级上。从国家政策到学校硬件和软件的设施到证书，区别都很大民办大学同样层次的毕业证的含金量要小点，用人单位都比较认同公办大学。目前知道的公务员考试、研究生考试、司法考试等国家大型高级资格考试一般不能使用非国民教育系列的毕业证书，使用本证书可以办理出国公证但不能在国外积学分。其余在不是必须要求全日制国民教育系列的情况下均可以使用。
4、使用民办的本科毕业证书可以办理出国公证，但不能在国外积学分，也就是说在国外不能直接读研究生课程拿硕士学位，必须重修部分大学课程。
5、使用民办的毕业证书不能报考司法考试，因为司法考试的报考条件明确规定只允许全日制国民教育系列才能报考。
6、最后，很多民办高校为了招生，都会与一些企业签订就业协议，但往往都不尽如人意。
