校企合作办学和普通本科两者在本质上没有区别，都是进行高等学历教育的主要形式，毕业之后都能够获得本科毕业证和学士学位证书，在学校也是同样接受各方面的教育，所享受到的教育资源也是基本相同的。
但是，校企合作办学和普通本科具有很大的区别，主要体现在以下几个方面：第一，毕业之后的待遇不一样。校企合作办学毕业生今后可以直接到相关合作企业就业，普通本科毕业生需要自己找工作就业。校企合作办学一般是与企业，而且是与知名企业合作办班，相当于是订单式培养。在毕业之后就经过相应的考核面试等程序，就可以直接进入到相应的公司去工作，在毕业之后就不需要额外再去找工作了。但是普通本科就不一样，普通本科如果想进入某一个企业工作的话，还必须要经过比较复杂的面试等程序，经过了严格的筛选以后，才能进入到相应的企业去上班。这是校企合作办学与普通本科最大的区别所在。众所周知，现在大学毕业生的就业形势不是很理想，就业途径也不是很宽，在当前就业形势压力比较大的情况下，校企合作办学的优势就充分显现出来了。因为，这些毕业生今后不用担心就业的问题，只要满足顺利毕业，身体健康等情况之下，就可以成功进入到相应的企业去工作。这是相对于其他的普通本科最大的区别所在，在很多时候，校企合作办班的企业方都是知名的企业。因为，如果不是行业内的知名企业的话，你是不可能在高校里面去办班的，就像现在很多企业在高水平的大学去开一些宣讲会。如果企业本身水平不高，你连到某一个大学里去开宣讲会的资格都没有，更何况是办合作办学办了。就像现在中兴通讯在各大高校所开设的中兴通讯班或者是中兴通讯学院，都是在一些高水平大学，例如华中科技大学，重庆邮电大学等这样的高水平大学才有开设。另外，一些医药企业例如康缘药业在医药类大学，尤其是中药类高校当中开设的校企合作班比较多，例如在南京中医药大学，安徽中医药大学都有开设。这些企业他们都是上市公司或者是行业内的知名品牌企业，具有重要的影响。
