(一)评价标准非常灵活绩效审计的评价标准都存在很大的灵活性。
首先，不同国家、不同地区的政策和环境会有差异；其次，被审计对象也千差万别，衡量的标准不一定相同，这就需要审计人员事先与被审计单位充分沟通，寻求一种与被审计单位不存在重大分歧的评价标准；再有，不少评价标准是难以量化的，自然就存在很大的灵活性。因此绩效审计是没有一套放之四海而皆准的评价标准的，甚至连评价指标体系的逻辑和结构也不是硬性规定的，评价标准在很大程度上依赖于审计人员的专业知识和经验。(二)审计结论侧重建设性绩效审计与财务审计、合规性审计不同，不侧重于监督查找违法违规问题，而是更强调评价职能，以促进改善为主要目标。对实际职责履行情况和效益实现情况的评价，是为了找出实际情况与理想状态的差距，分析其中影响的因素，从而对尚未完善的地方提出改进建议。绩效审计一般不作出审计决定，审计结论的强制程度较低，提出的建议也不一定是非常具体的措施，可以是方向性的建议，供被审计单位和相关部门采纳。(三)审计涉及范围非常宽广绩效审计涉及的内容非常宽泛，仅以环境绩效审计为例，则包括环境政策执行、资源利用、环境治理、环境资金、环境管理活动等等，对效益的评价不仅包括经济效益，还包括环境效益、社会效益。例如，对一个有害废物处置中心建设项目的绩效评价，不仅涉及厂房建设和设备购置，还涉及有害废物在城市的运输、有害废物堆放对空气的影响、在下雨天对附近河流水质的影响、有害废物处理工作人员的健康安全、周边居民对此建设的意见等，需要运用发散思维去观察和分析。(四)部分评价比较困难绩效评价中的一些事项涉及范围广，表现形式也多种多样，而且内在的因果关系往往特别复杂，难以进行定向的判断和评价。例如污水处理项目中关于附近河段水质改善情况的评价，假如水质改善了，是否就能归功于本项目的效果？还是附近其他环境治理项目起到了更重要的作用？假如水质没有得到改善，是否就代表这个项目实施得不成功？会不会存在虽然本污水处理项目实施成功，但此河段受到了其他人为污染的情况？所以，要对类似的问题进行客观、恰当的评价不是一件容易的事，必须仔细、多方面去分析。
