李时珍精心照料父亲，使父亲的病开始好转。
在此时间里，他完成了《濒湖医案》、《三焦客难》、《命门考》、《五藏图经》、《濒湖脉学》、《奇经八脉考》等著作。这些著作都凝聚着李时珍父子之间的深情厚谊。比如，《濒湖脉学》就是李时珍在父亲《医学八脉法》、《四诊发明》的基础上写成的。中医的脉学，自《内经》开创以来，历代都有论述。东汉张仲景对评脉的辨证论述，散见各篇，未成专著。两晋王叔和著有脉经12卷，因时代久远，散失太多，到《旧唐志》只留下两卷。李时珍本着“涉猎群书，搜罗百代”的治学精神，除广收经典外，还涉及上自太仓、启玄、叔和之学，下至唐宋金元诸名流脉学著作达48家之多，在此基础上删繁就简，写成了集脉学著作大成的《濒湖脉学》。第一次以27脉“歌诀”及“四言举要”，解决了通俗切用的难题，并批判了《脉诀》的谬误。《濒湖脉学》全书仅2万多字，然而字字斟酌，深入浅出，句句通俗，且俗不伤雅。以脉论医，明理切用，音韵协调，易读易记，故风行天下成为后世脉学的指南。我们今天全国中医院校的脉学教材，大多取材于这本经典著作。在这个时期里，李时珍还写了《命门考》、《奇经八脉考》等著作。与此同时，他对《内经》、《抱朴子》、《千金要方》等古籍，以及药王庙中的针灸铜人进行了深入的研究。明代嘉靖四十三年（公元1564年），李言闻旧病复发，医治无效去世。临终前，他嘱咐李时珍要克服困难，尽快地将《本草》重修好。几年以后，李时珍同哥哥李果珍一起，将父亲与去世已久的母亲张氏合葬在雨湖畔的蟹子地。至今，这座合葬墓还在美丽的雨湖之滨。
