1、财政来源不同教育部直属大学的经济来源是来自教育部下拨。
省属大学的经济来源是来自省财政部，也有教育部的拨款但比较少。
2、级别不同教育部直属大学是全国性的重点大学，一般是双一流大学。省属大学是地域高水平大学，不属于双一流范畴。
3、教育标准不同教育部直输大学的目的是敢于探索，走向世界。省属大学的目的是培养地域特色人才，为城市建设做贡献。两者的区别主要是在于级别上，省人民政府和教育部共建的大学包括了211、985等项目在内，实质上没有什么区别。省部共建大学是：指国务院相关部委（教育部及其他国家部委）与相关省、直辖市、自治区共建高校。一是教育部与地方政府对985工程大学进行共建，以建设国内一流、国际知名的高水平大学，中央部委拉动地方政府配套支持相关高校发展的规划。二是各行业领域具有高水平的部分行业特色型国家211工程大学，得到教育部、各行业部门对这些重点行业特色型大学进行共建。共建工作旨在指导这些特色高校扩大社会合作、强化社会服务，构建共建各方更稳固、持久的合作关系，发挥共建工作在高水平大学建设中的重要作用。三是部分实力较强的省属大学，得到地方政府与教育部以及其他部委共建，拓展发展经费和资源，建设在全国范围内综合实力强、办学水平高，在全国有一定影响力的高水平大学。教育部为此设立教育部省部共建工作研究中心由教育部直属高校工作办公室直接领导，立足于省部共建。此外，教育部还吸纳这部分高校参加教育部直属高校的部分会议。
