生物工程属于生命科学与工程系生命科学与工程系始建于1992年;2000年成立生物系;2008年更名为生命科学与工程系。
现有生物工程、食品科学与工程、酿酒工程、生物制药、新能源科学与工程五个本科专业,食品生物技术、药品食品生物技术、农业食品生物技术三个专科专业,全日制在校生950余人。生命科学与工程系高度重视专业建设;2017年生物工程类专业群(生物工程、食品科学与工程、酿酒工程、生物制药专业)被评为山东省高水平应用型专业群,生物工程专业为特色专业,也是山东省首批卓越工程师培养计划专业。各专业密切对接地方产业,服务地方经济,深入推进产教融合、校企合作,成功举办了2017济宁市食品行业创新发展高级研修班及品酒师培训。