商丘学院和商丘师范学院在办学体制、建校历史、院系设置等方面存在明显的区别。
首先，商丘学院是一所民办高校，更注重的是“钱”和投资方的“效益”，所以其设置专业更多的是为了更容易招生。而商丘师范学院是一所公办高校，虽然是一所师范类院校，但还要照顾商丘市的发展，所以其设置的专业与商丘市的产业有一定的联系。其次，两所学校的建校历史也不同。商丘学院筹建于2002年，前身为河南农业大学华豫学院；2011年转设为商丘学院。而商丘师范学院的历史可以追溯到1905年的归德府中学堂，前身为北宋全国四大书院之一的应天书院，1981年经国务院批准设立商丘师范专科学校；2000年升格为商丘师范学院。再者，两所学校的院系设置也不同。商丘学院设有传媒与艺术学院、外国语学院、人文学院、管理学院、商学院、计算机工程学院、电子信息工程学院、风景园林学院、土木工程学院、体育学院、马克思主义学院、中等专业学院、春来学院、音乐系等16个教学单位。而商丘师范学院设有化学化工学院、测绘与规划学院、生物与食品工程学院、文化传媒学院、经济与管理学院、教育科学学院、外国语学院、文学院、艺术学院、体育学院等10个教学单位。总的来说，商丘学院和商丘师范学院在多个方面存在显著的区别。
