刑事案件扣押车辆取回流程如下：
1、因财产保全而被法院扣押的，可以向法院提供相应的担保，或与保全申请人协商，由申请人向法院申请解除扣押，由法院解除保全措施，将车取回。
2、在法院执行中被法院扣押的，在履行生效法律文书所确定的义务后，将车取回，或主动与执行申请人达成和解协议，并由申请人向法院申请解除强制措施，将车取回。
车辆扣押时，车辆保管应注意的问题有：
1、如案件复杂，处理时间较长，所扣车辆不应露天保管，防止时间长，车辆部件经风吹日晒雨淋造成锈蚀，应停放于车库内保管。
2、如冬季扣押车辆，应放清发动机水箱中的冷却水，防止机体在严寒中冻列造成损失。
3、注意防火防盗，张贴封条，指定专人妥善保管。
4、案件承办人应对查封扣押的车辆指定专人保管，安排专业技术人员对所扣车辆进行必要的检修维护保养，有关费用在结案时一并处理。 法律依据 《刑事诉讼法》第一百四十一条
在侦查活动中发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪的各种财物、文件，应当查封、扣押；与案件无关的财物、文件，不得查封、扣押。对查封、扣押的财物、文件，要妥善保管或者封存，不得使用、调换或者损毁。
《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百二十八条
在侦查过程中需要扣押财物、文件的，应当经办案部门负责人批准，制作扣押决定书；在现场勘查或者搜查中需要扣押财物、文件的，由现场指挥人员决定；但扣押财物、文件价值较高或者可能严重影响正常生产经营的，应当经县级以上公安机关负责人批准，制作扣押决定书。在侦查过程中需要查封土地、房屋等不动产，或者船舶、航空器以及其他不宜移动的大型机器、设备等特定动产的，应当经县级以上公安机关负责人批准并制作查封决定书。