公司有理由扣员工工资,但是不能随意扣员工的工资。缴纳个人所得税、应由劳动者个人负担的各项社会保险费用、法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等,都是可以从员工的工资中扣的。

法律依据

《劳动法》第五十条

工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

《工资支付暂行规定》第十六条

因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的,用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿,可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准,则按最低工资标准支付。

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